<div dir="ltr">Hi Stephanie,<div><br></div><div>Yes, it is an endian issue. </div><div><br></div><div>You probably want a way to fix this endian problem from happening in the first place which I don't know how to do. But you can use the Byte Swapper (<a href="https://imagej.nih.gov/ij/plugins/swapper.html">https://imagej.nih.gov/ij/plugins/swapper.html</a>) imagej plugin to fix things after the fact.<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Ryan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 23, 2018 at 10:10 AM, Dr S. Hoehn <span dir="ltr"><<a href="mailto:S.Hoehn@damtp.cam.ac.uk" target="_blank">S.Hoehn@damtp.cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Dear All,<br>
<br>
my images/stacks acquired with the OpenSPIM plugin have suddenly started looking weird. I attached an example image (spim_TL00_Angle0.ome.tiff). If I do not define an output directory and save the image manually after acquisition, it looks normal (see attached SimpleOutput.tif).<br>
<br>
I have been told it could be a big-endian/little-endian problem (<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Endianness" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.wikipedia.org/wiki<wbr>/Endianness</a>).<br>
<br>
I haven’t found anything to adjust that turns them back to normal (not contrast/brightness, inversion,…).<br>
<br>
Does anyone have an idea how to fix this?<br>
<br>
Thank you very much,<br>
<br>
Stephanie<br>
<br>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
OpenSPIM mailing list<br>
<a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
<a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/mailman/<wbr>listinfo/openspim</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>