<div dir="ltr">Emmanuel,<div><br></div><div>I use both a fluorophore in the bath and beads in agarose. I find the approximate focal point and in plane tilt of the beam/sheet with the bath. For sheet tilt out of the detection focal plane, and setting cylindrical lens rotation angle, I use free floating beads in the bath or beads held in an agarose plug. Beads can be quite a problem to get out of the bath, though this may not impact some imaging sessions, so I use an agarose plug. I accept that lensing occurs when shooting through the agarose cylinder so I shoot through the centre as best I can.</div><div><br></div><div>I tend to use Alexa dyes in the bath as I think the dyes are less likely to get taken up into cells. TetraSpeck beads are great for fine aligning second or third lasers to the alignment laser.<br></div><div><br></div><div>Cheers,<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">- David</span><br></div><div><br></div><div><font size="1">David Potter</font></div><div><font size="1">Lattice Light Sheet Microscopy Manager</font></div><div><font size="1">Monash Micro Imaging - Advanced Optical Microscopy</font></div><div><font size="1">Monash University Clayton, VIC 3800, Australia</font></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 23 August 2017 at 03:00,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:openspim-request@openspim.org" target="_blank">openspim-request@openspim.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send OpenSPIM mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:openspim@openspim.org">openspim@openspim.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/mailman/<wbr>listinfo/openspim</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:openspim-request@openspim.org">openspim-request@openspim.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:openspim-owner@openspim.org">openspim-owner@openspim.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of OpenSPIM digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Fluorescent solution for light sheet alignment (Emmanuel Reynaud)<br>
   2. Re: Fluorescent solution for light sheet alignment<br>
      (Nikita Vladimirov)<br>
<br>
<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 22 Aug 2017 11:28:53 +0100<br>
From: Emmanuel Reynaud <<a href="mailto:emmanuel.reynaud@ucd.ie">emmanuel.reynaud@ucd.ie</a>><br>
To: <a href="mailto:openspim@openspim.org">openspim@openspim.org</a><br>
Subject: [OpenSPIM] Fluorescent solution for light sheet alignment<br>
Message-ID:<br>
        <CADdnFiq=XStJ=4S_+km3wjep=<wbr>4bcR=<a href="mailto:G6MRdQaqgmnZ3fmAgQVw@mail.gmail.com">G6MRdQaqgmnZ3fmAgQVw@<wbr>mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
Did anybody ever used a chamber filled with fluorescent solution (e.g.<br>
fluorescein) to align the light sheet? Got a request from another group who<br>
planned to use such method to align detection vs illumination objectives?<br>
<br>
Any ideas welcome,<br>
<br>
Emmanuel<br>
<br>
*Dr Emmanuel G. Reynaud*<br>
Principal Investigator, Integrative Biology<br>
Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Science<br>
UCD Centre for Biomedical Engineering (<br>
<a href="http://www.ucd.ie/biomedicalengineering/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ucd.ie/<wbr>biomedicalengineering/</a>)<br>
<br>
e-mail: <a href="mailto:emmanuel.reynaud@ucd.ie">emmanuel.reynaud@ucd.ie</a> <<a href="mailto:matthias.wilm@ucd.ie">matthias.wilm@ucd.ie</a>><br>
Website:<a href="http://cellbiology.ucd.ie/" rel="noreferrer" target="_blank">http://cellbiology.<wbr>ucd.ie/</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20170822/22a59768/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/<wbr>pipermail/openspim/<wbr>attachments/20170822/22a59768/<wbr>attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 22 Aug 2017 14:23:29 +0200<br>
From: Nikita Vladimirov <<a href="mailto:nvladimus@gmail.com">nvladimus@gmail.com</a>><br>
To: Emmanuel Reynaud <<a href="mailto:emmanuel.reynaud@ucd.ie">emmanuel.reynaud@ucd.ie</a>><br>
Cc: <a href="mailto:openspim@openspim.org">openspim@openspim.org</a><br>
Subject: Re: [OpenSPIM] Fluorescent solution for light sheet alignment<br>
Message-ID:<br>
        <CAC+J2j=<a href="mailto:Y5ML%2BusUK_diGB2MhyhUprv9fZ4%2BVGKDCBPe-_QZOsw@mail.gmail.com">Y5ML+usUK_<wbr>diGB2MhyhUprv9fZ4+VGKDCBPe-_<wbr>QZOsw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Yes, I did, it worked nicely with fluorescein, for finding the beam waist<br>
in the field of view, and checking the XY tilt.<br>
<br>
Nikita Vladimirov<br>
<br>
On Tue, Aug 22, 2017 at 12:28 PM, Emmanuel Reynaud <<a href="mailto:emmanuel.reynaud@ucd.ie">emmanuel.reynaud@ucd.ie</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Hi,<br>
><br>
> Did anybody ever used a chamber filled with fluorescent solution (e.g.<br>
> fluorescein) to align the light sheet? Got a request from another group who<br>
> planned to use such method to align detection vs illumination objectives?<br>
><br>
> Any ideas welcome,<br>
><br>
> Emmanuel<br>
><br>
> *Dr Emmanuel G. Reynaud*<br>
> Principal Investigator, Integrative Biology<br>
> Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Science<br>
> UCD Centre for Biomedical Engineering (<a href="http://www.ucd.ie/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ucd.ie/</a><br>
> biomedicalengineering/)<br>
><br>
> e-mail: <a href="mailto:emmanuel.reynaud@ucd.ie">emmanuel.reynaud@ucd.ie</a> <<a href="mailto:matthias.wilm@ucd.ie">matthias.wilm@ucd.ie</a>><br>
> Website:<a href="http://cellbiology.ucd.ie/" rel="noreferrer" target="_blank">http://cellbiology.<wbr>ucd.ie/</a><br>
><br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> OpenSPIM mailing list<br>
> <a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
> <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/mailman/<wbr>listinfo/openspim</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20170822/2659564d/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/<wbr>pipermail/openspim/<wbr>attachments/20170822/2659564d/<wbr>attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
OpenSPIM mailing list<br>
<a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
<a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" rel="noreferrer" target="_blank">http://openspim.org/mailman/<wbr>listinfo/openspim</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of OpenSPIM Digest, Vol 48, Issue 2<br>
******************************<wbr>*********<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>