<div dir="ltr">Hi all<div><br></div><div>Hope your microscopes are aligned and treating you well! I'm sorry if I've missed this conversation before but I was wondering if any of you have had similar problems as me with trying to get the Fiji multiview reconstruction plugin to like my data. </div><div><br></div><div>I've tried a range of microspheres - different colours, different sizes and different concentrations but it never seems to find enough correspondences between views. <span style="font-size:12.8px">I</span><span style="font-size:12.8px">'ve been primarily experimenting with interactively detec​​ting interest points. I've tried the presets as well but with no luck. I've tried to systematically work through various combinations of sigma and threshold but always end up with 0 inliers. Registrations always terminates with the following error: </span><span style="font-size:12.8px">"There are no connected tiles, cannot do an optimization. Quitting."</span></div><div><br></div><div>My home built system doesn't run on µManager and my images are acquired as .cxd files which I convert to .tifs before processing. I'm attaching some of my test data - <a href="https://drive.google.com/file/d/0B-he-_wcys_-aUtRZ0pidFhyUlk/view?usp=sharing" target="_blank">https://drive.google.com/file/<wbr>d/0B-he-_wcys_-<wbr>aUtRZ0pidFhyUlk/view?usp=<wbr>sharing</a></div><div>the sample here is 1µm yellow-green beads <span style="font-size:12.8px">(1:4000 dilution) and 10µm beads (1:50 dilution) with the idea of using the 1µm beads to reconstruct the 10µm beads. </span><span style="font-size:12.8px">I use the same objectives as on the OpenSPIM system </span><span style="font-size:12.8px">(10X for illumination and 20X for detection), magnification on the system is 27.7X. The illumination here is 473nm and detection at 520nm.​​</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">A log file has been included in the zip file to give you an idea of what I've been trying. </span><br></div><div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I hope I'm just missing a trick somewhere. Any help would be greatly appreciated!</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Best wishes</div><div style="font-size:12.8px">Tania</div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">-------------------------<div>Tania Mendonca<div>Doctoral Research Student<br></div><div>University of Sheffield<br></div><div>S10 2TN<br></div></div><div>-------------------------<br></div></div></div>
</div></div>