
<div>Hi, <span style="line-height: 1.5;">Dylan,</span></div><div><span style="line-height: 1.5;">    I also have the problem as you described, and I haven't fixed the problem yet. </span></div><div><span style="line-height: 1.5;">    I used the </span><span style="line-height: 1.5;">genetically modified Zebrafish to do the experiment, which makes the </span><span style="line-height: 1.5;">blood vessel </span><span style="line-height: 1.5;">fluorescent, </span><span style="line-height: 1.5;">so I didn't use the </span><span style="line-height: 1.5;">beads.</span></div><div><span style="line-height: 1.5;">    In my situation, if I just moved the x or y position to do the experiment, the SPIM can do the registration at some situation (the </span><span style="line-height: 1.5;">overlap size between different stacks and</span><span style="line-height: 1.5;"> the parameters you use to registration would affect the registration). </span></div><div><span style="line-height: 1.5;">    However, if I rotated the angle, the registration would fail. I also think that it's maybe the </span><span style="line-height: 1.5;">FEP tube is not straight, since when I rotated the angle, I had to change the x and y to move the fish back to screen.</span></div><div><span style="line-height: 1.5;">    In one kind of Leica's light sheet microscope, it is not necessary to change angles to achieve 3D-image. it just move the x, y and z. Of cause, this method would lower the resolution in z-axis.</span><span style="color: rgb(204, 0, 0); font-family: arial; font-size: 13px; line-height: 20.02px;"></span></div>


<div>    If you <span style="line-height: 1.5;">make any progress</span> in this problem, please tell me, Thank you!</div><div><br></div><div>P.S. you can try the software Vaa3D to do the <span style="font-family: 'lucida Grande', Verdana; line-height: 23.8px;">stitch the stacks.</span></div><div><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px">------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Zheng Huang</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">State Key Laboratory of High Field Laser Physics, Shanghai Institute of Optics and Fine Mechanics, </span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Chinese Academy of Sciences, Shanghai 201800, China</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Address: Qinghe Road No. 390, Jiading District, Shanghai </span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">201800</span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">, China </span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Tel: 13120836853</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">E-mail: 709314090@qq.com</span></div></div></div><div> </div><div><div><br></div><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>From: </b> "Windell, Dylan";<dw388@exeter.ac.uk>;</div><div><b>Date: </b> Tue, Nov 10, 2015 07:39 PM</div><div><b>To: </b> "openspim@openspim.org"<openspim@openspim.org>; <wbr></div><div></div><div><b>Subject: </b> [OpenSPIM] 3D Reconstruction</div></div><div><br></div>


<style></style>


<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal">Hi All,<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">I have been trying to register Z-stacks of Zebrafish using the SPIM plugin with various concentrations of beads but despite everything I try I cannot get the beads to match with different angles.<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">I am not sure if this is because of the light sheet not being aligned properly (I am calculating the PSF very soon and will re-align the system from scratch) or due to sample prep etc. I have corrected bead drifting (as this was evident

 in low concentrations of agarose) and I am pretty sure the xy and z resolution numbers are correct. I will attempt the Multiview reconstruction package, FluoRender or even ClearVolume but without bead registration working I am not sure if that will work either.<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Would it be possible that if the FEP tube is not straight, the manual positioning of the next angles would misalign bead registration? I have also thought that as the embryo fills up the tube, I am not getting enough volume of beads on

 either side of the stack for bead registration?<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">If anyone has had difficulty in this or have done work on Zebrafish with SPIM I would really appreciate any help.<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Kind regards,<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Dylan<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">Dylan Windell<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">Postgraduate Researcher<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB"><a href="http://business-school.exeter.ac.uk/research/areas/centres/isr/"><span style="color:#1F497D;text-decoration:none">College</span></a> of Life and Environmental

 Sciences<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">University of Exeter, Geoffrey Pope<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">Stocker Road, Exeter EX4 4QD, UK

<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><i><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">phone: +44 (0) 7596725056<o:p></o:p></span></i></p>

<p class="MsoNormal"><i><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-GB">email:

<u><a href="mailto:dw388@exeter.ac.uk"><span style="color:blue">dw388@exeter.ac.uk</span></a></u><o:p></o:p></span></i></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

</div></div>