
<div>Hi, ALL!</div><div>  I bulit my OpenSPIM last week, and I began to require data of zebrafish. But the data was registration failed.  The log of fiji was at the last of this mail. I try to change the threshold and nothing went well. </div><div>  I wonder it's maybe something worry with my require processing,  so I descirbe my require processing below. </div><div>  First, I selected a view, then set the Stack-Z = 400, and the step=7.5um, angle=-55.8.</div><div>  Second, I wanted to select another view, so I changed the angle to -19.8. But at the same time, I had to change the x-value to keep the the zebrafish in the view of camera. Of cause, the range of Stack-z was also changed. Was this step wrong? I should not change the x-value?</div><div>   Third, I repeated the second step to choose another three views and began to require data.</div><div>   I hope to get your help！</div><div><br></div><div>   By the way, I found the OpenSPIM.app(20150427) can not do data processing. When I did registration, the program alerted that missing 3D Viewer. I try to download the 3D Viewer, and it could work in this compter. Then I copyed the app folder to another computer, it couldn't work again. Was the 3D Viewer not installed in the app folder?  PS. The computer in lab can not access to Internet.</div><div>    Thank you！</div><div><br></div><div>Best ALL！</div><div><div><br></div><div>***************************************************</div><div>r1 = 1.0</div><div>r2 = 2.0</div><div>threshold = 0.015172152779996395</div><div>....</div><div><div>(Wed Sep 02 20:59:13 CST 2015): Subpixel localization using quadratic n-dimensional fit</div><div>Found peaks (possible beads): 6160 in view spim_TL01_Angle4.tif</div><div>Opening files took: 0 sec (17 %)</div><div>Computation took: 4 sec (83 %)</div><div>(Wed Sep 02 20:59:13 CST 2015): Finished Bead Extraction</div><div>(Wed Sep 02 20:59:13 CST 2015): Starting Registration</div><div><font color="#ff0000">spim_TL01_Angle2.tif<->spim_TL01_Angle4.tif: Not enough correspondences found 6, should be at least 12</font></div><div><font color="#ff0000">spim_TL01_Angle2.tif<->spim_TL01_Angle3.tif: Model found but not enough remaining inliers (4/12) after RANSAC of 12</font></div><div><font color="#ff0000">spim_TL01_Angle1.tif<->spim_TL01_Angle3.tif: Not enough correspondences found 7, should be at least 12</font></div></div><div></div></div><div>......</div><div><div>spim_TL01_Angle0.tif (id = 0) has 0 correspondences in 0 other views.</div><div>spim_TL01_Angle1.tif (id = 1) has 0 correspondences in 0 other views.</div></div><div>.....</div><div><div><font color="#ff0000">The total number of detections was: 32007</font></div><div><font color="#ff0000">The total number of correspondence candidates was: 126</font></div><div><font color="#ff0000">The total number of true correspondences is: 0</font></div></div><div><div>Successfully optimized configuration of 0 tiles after 202 iterations:</div><div>  average displacement: ?px</div><div>  minimal displacement: 179,769,313,486,231,570,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000.000px</div><div>  maximal displacement: 0.000px</div><div>Optimizer Matrices</div><div><font color="#ff0000">ViewErrorStatistics.setViewSpecificError(): Warning! spim_TL01_Angle0.tif (id = 0) is not part of the structure of my view spim_TL01_Angle0.tif (id = 0)</font></div><div><font color="#ff0000">spim_TL01_Angle0.tif (id = 0): is not connected to any other tile!</font></div><div><font color="#ff0000">ViewErrorStatistics.setViewSpecificError(): Warning! spim_TL01_Angle1.tif (id = 1) is not part of the structure of my view spim_TL01_Angle1.tif (id = 1)</font></div><div><font color="#ff0000">spim_TL01_Angle1.tif (id = 1): is not connected to any other tile!</font></div></div><div><div></div></div><div>.....</div><div>*****************************************************</div><div><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px">------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Zheng Huang</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">State Key Laboratory of High Field Laser Physics, Shanghai Institute of Optics and Fine Mechanics, </span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Chinese Academy of Sciences, Shanghai 201800, China</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Address: Qinghe Road No. 390, Jiading District, Shanghai </span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">201800</span><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">, China </span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">Tel: 13120836853</span></div><div><span style="color: rgb(128, 128, 128); font-family: 微软雅黑, Tahoma, 宋体; line-height: 22px;">E-mail: 709314090@qq.com</span></div></div></div><div> </div>