<div dir="ltr"><div><div><div>Hello, <br></div>Ulrik, thank you for updating the OMETiffHandler.  I have to admit, I don't know what to do with the file you have linked, though.  I haven't used Maven before.  Is that the only way to incorporate this change into Fiji?  <br></div>Thank you, <br></div>Aurelia <br><br><div><div><div><br><br><div><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 20, 2015 at 6:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:openspim-request@openspim.org" target="_blank">openspim-request@openspim.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send OpenSPIM mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:openspim@openspim.org" target="_blank">openspim@openspim.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" target="_blank">http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:openspim-request@openspim.org" target="_blank">openspim-request@openspim.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:openspim-owner@openspim.org" target="_blank">openspim-owner@openspim.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of OpenSPIM digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: open SPIM acquisition error (Ulrik G?nther)<br>
   2. Re: open SPIM acquisition error (Johannes Schindelin)<br>
   3. 64-bit Fiji Memory Limit Issue (Roberts, Thomas)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: 20 Apr 2015 10:23:42 +0200<br>
From: Ulrik G?nther <<a href="mailto:guenther@mpi-cbg.de" target="_blank">guenther@mpi-cbg.de</a>><br>
To: Johannes Schindelin <<a href="mailto:johannes.schindelin@gmx.de" target="_blank">johannes.schindelin@gmx.de</a>><br>
Cc: Aurelia Honerkamp-Smith <<a href="mailto:aureliaomega@gmail.com" target="_blank">aureliaomega@gmail.com</a>>,<br>
        <a href="mailto:openspim@openspim.org" target="_blank">openspim@openspim.org</a><br>
Subject: Re: [OpenSPIM] open SPIM acquisition error<br>
Message-ID: <<a href="mailto:2D47F005-0963-4704-B2CC-ACD0D4044D0B@mpi-cbg.de" target="_blank">2D47F005-0963-4704-B2CC-ACD0D4044D0B@mpi-cbg.de</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
  Hello Aurelia and Johannes,<br>
<br>
<br>
I modified the OMETiffHandler to use the new Units API of BioFormats, you can find the changes at?<a href="https://github.com/skalarproduktraum/SPIMAcquisition/tree/OMEUnitFixes" target="_blank">https://github.com/skalarproduktraum/SPIMAcquisition/tree/OMEUnitFixes</a><br>
<br>
<br>
Question to Johannes: Do you want a pull request for that? The issue I?m currently having is that it works just fine in Fiji with the MM update site, but not with the latest MM nightly, as it brings an older ome-xml version. Suggestions?<br>
<br>
<br>
cheers,<br>
<br>
<br>
ulrik<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
?<br>
Ulrik G?nther, Dipl.-Phys.<br>
PhD Student<br>
MOSAIC Group & Tomancak Lab,?Center of Systems Biology Dresden<br>
Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics<br>
Pfotenhauerstr. 108, D-01307 Dresden, Germany<br>
<br>
<br>
<br>
E-Mail:?<a href="mailto:guenther@mpi-cbg.de" target="_blank">guenther@mpi-cbg.de</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
> On Apr 17, 2015, at 10:10 PM, Johannes Schindelin <<a href="mailto:johannes.schindelin@gmx.de" target="_blank">johannes.schindelin@gmx.de</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> Hi Aurelia,<br>
><br>
><br>
> On 2015-04-17 16:56, Aurelia Honerkamp-Smith wrote:<br>
><br>
><br>
>> java.lang.NoSuchMethodError:<br>
>> loci.formats.meta.IMetadata.setPixelsPhysicalSizeX(Lome/xml/model/primitives/PositiveFloat;I)V<br>
>><br>
>><br>
>><br>
><br>
><br>
> It would appear as if OMERO might have broken Bio-Formats'?<br>
> backwards-compatibility once again... Exceptions like this one mean that?<br>
> the method setPixelsPhysicalSizeX(PositiveFloat) was available at?<br>
> compile time but is no longer available at runtime.<br>
><br>
><br>
> And indeed, it looks as if IMetadata by virtue of extending?<br>
> ome.xml.meta.MetadataStore defines only the following?<br>
> setPixelsPhysicalSizeX() method:<br>
><br>
><br>
> public abstract void setPixelsPhysicalSizeX(ome.units.quantity.Length,?<br>
> int);<br>
><br>
><br>
> I fear that we will have to update the SPIMAcquisition plugin in a hurry?<br>
> to conform with the new Bio-Formats version that was so overzealously?<br>
> uploaded to the Fiji update site despite breaking backwards?<br>
> compatibility in a rather blatant way.<br>
><br>
><br>
> My calendar is densely packed, though, so I have no idea when I will get?<br>
> around to fix it (hint: help appreciated).<br>
><br>
><br>
> Ciao,<br>
> Johannes<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> OpenSPIM mailing list<br>
> <a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org" target="_blank">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
> <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" target="_blank">http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20150420/9e46453b/attachment-0001.html" target="_blank">http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20150420/9e46453b/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 20 Apr 2015 11:26:49 +0200<br>
From: Johannes Schindelin <<a href="mailto:johannes.schindelin@gmx.de" target="_blank">johannes.schindelin@gmx.de</a>><br>
To: Ulrik G?nther <<a href="mailto:guenther@mpi-cbg.de" target="_blank">guenther@mpi-cbg.de</a>><br>
Cc: Aurelia Honerkamp-Smith <<a href="mailto:aureliaomega@gmail.com" target="_blank">aureliaomega@gmail.com</a>>,<br>
        <a href="mailto:openspim@openspim.org" target="_blank">openspim@openspim.org</a><br>
Subject: Re: [OpenSPIM] open SPIM acquisition error<br>
Message-ID: <<a href="mailto:cf359e135dae45adea047be9c310649b@www.dscho.org" target="_blank">cf359e135dae45adea047be9c310649b@www.dscho.org</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>
<br>
Hi Ulrik,<br>
<br>
On 2015-04-20 10:23, Ulrik G?nther wrote:<br>
<br>
> Question to Johannes: Do you want a pull request for that?<br>
<br>
Whenever some code in OpenSPIM has been improved, or for that matter, in<br>
any Open Source software I maintain, I want a Pull Request. Otherwise<br>
the software would not improve but deteriorate, wouldn't it?<br>
<br>
So was that a trick question?<br>
<br>
> The issue I?m currently having is that it works just fine in Fiji with<br>
> the MM<br>
> update site, but not with the latest MM nightly, as it brings an older<br>
> ome-xml version. Suggestions?<br>
<br>
My suggestion is not new.<br>
<br>
My suggestion is to finally work together on having *the same* software<br>
versions in all OpenSPIM setups, by using the update site. We already<br>
have a beautiful update site, but nobody took care so far to get it back<br>
up-to-date, right? So now everybody and her dog has to work just as hard<br>
as everybody else to get to a working state, and nobody benefits from<br>
anybody else's work (the Pull Requests that have been opened and merged<br>
have been a really nice exception).<br>
<br>
I know that it is typically highly discouraged in scientific work to<br>
work with other groups: after all, you could write papers, and even<br>
scoop other groups, instead of working on something that benefits them<br>
as well as yourself, right? This, however, is not the idea behind<br>
OpenSPIM. The idea of OpenSPIM is that when everybody works a little,<br>
everybody benefits a *lot*.<br>
<br>
So let's work everybody a little on the software. Preferably in a way<br>
that other people do not have to solve the same problem that you solved,<br>
*again*. Rather, in a way where each problem is solved such that nobody<br>
else has to bother with the same problem. Whether you share your<br>
solution as a mail to this list, as an edit to the wiki, as a Pull<br>
Request, just share it.<br>
<br>
Then we all will benefit.<br>
<br>
Ciao,<br>
Johannes<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 20 Apr 2015 15:31:57 +0000<br>
From: "Roberts, Thomas" <<a href="mailto:thomas.roberts.10@ucl.ac.uk" target="_blank">thomas.roberts.10@ucl.ac.uk</a>><br>
To: "<a href="mailto:openspim@openspim.org" target="_blank">openspim@openspim.org</a>" <<a href="mailto:openspim@openspim.org" target="_blank">openspim@openspim.org</a>><br>
Subject: [OpenSPIM] 64-bit Fiji Memory Limit Issue<br>
Message-ID: <<a href="mailto:1429543916741.90268@ucl.ac.uk" target="_blank">1429543916741.90268@ucl.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hi everyone,<br>
<br>
<br>
This is probably a wider issue with Fiji than OpenSPIM, but I was wondering if anyone else encountered the same problem we are having.<br>
<br>
<br>
For reference, we are running 64-bit Windows 7 on a monster machine with 64GB RAM, an Intel Xeon E5-2650 and an nVidia Quadro 5000.<br>
<br>
<br>
We generally run the 32-bit version of OpenSPIM for acquisition, but opening large image datasets (such as the ones in the Registation tutorial: <a href="http://openspim.org/Registration" target="_blank">http://openspim.org/Registration</a>) results in Fiji reaching its memory limit. Because of this, I downloaded the 64-bit version of OpenSPIM/MM/Fiji in an attempt to increase the memory limit.<br>
<br>
<br>
If I set the memory limit to a large value (20,000 MB) by going to Edit > Options > Memory & Threads, I get the same error message, as below:<br>
<br>
<br>
Loading C:\Users\SPIM\Documents\OpenSPIM Dresden Data\tiffs\\spim_TL05_Angle0.tif<br>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><br>
<Out of memory><br>
<All available memory (505MB) has been><br>
<used. To make more available, use the><br>
<Edit>Options>Memory & Threads command.><br>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><br>
<br>
This is really odd, because if I go to Help > About ImageJ, it says that 13MB out of 20000MB (<1%) is in use. Put another way, Fiji accepts that I want to increase the memory limit, but it still doesn't use more than 505MB of memory.<br>
<br>
As a sanity check, I have installed 64-bit Fiji on my office computer and I can open the Registration tutorial data there, but my personal computer is really slow at manipulating the large datasets!<br>
<br>
Has anyone else experienced this problem? Or does anyone have any suggestions for how to solve the issue?<br>
<br>
It's really frustrating as our behemoth PC refuses to do what it was bought to do!<br>
<br>
Many thanks in advance for any replies.<br>
Tom Roberts<br>
<br>
-----<br>
Research Associate<br>
UCL Centre for Advanced Biomedical Imaging<br>
<a href="mailto:thomas.roberts.10@ucl.ac.uk" target="_blank">thomas.roberts.10@ucl.ac.uk</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20150420/2805dfd5/attachment-0001.html" target="_blank">http://openspim.org/pipermail/openspim/attachments/20150420/2805dfd5/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
OpenSPIM mailing list<br>
<a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org" target="_blank">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
<a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" target="_blank">http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim</a><br>
<br>
<br>
End of OpenSPIM Digest, Vol 24, Issue 4<br>
***************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></div>