<div dir="ltr"><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4">Hi Johannes,</font></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4">I am thinking in the direction Johannes suggested - adapt OpenSPIM to include SCAPE.</font></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4">I still have a question:</font></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4">You were saying that it requires a sophisticated reconstruction algorithm because of<br> the non-uniform pixel spacings.</font></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4">In the article (Page 6 - SCAPE image analyisis and visualization) the authors say that </font></div><div><font size="4"></font><br></div><div><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">"</font><font face="arial,helvetica,sans-serif">Three-dimensional volume renderings were </font><font face="arial,helvetica,sans-serif">generated using volren modules in Amira </font></font></div><div><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">using custom colourmaps. All data shown </font><font face="arial,helvetica,sans-serif">are in SCAPE (x<font lang="JA"><font lang="JA">′</font></font>–y<font lang="JA"><font lang="JA">′</font></font>–z<font lang="JA"><font lang="JA">′</font></font>) image space (Fig. 1b). </font></font></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="4"></font><br></div><div><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">The SCAPE data shown in Fig. 2e, </font><font face="arial,helvetica,sans-serif">Supplementary Fig. 7 and Supplementary Movie 2 </font></font></div><div><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">were corrected for the skewing </font><font face="arial,helvetica,sans-serif">effect of the oblique light sheet by shifting each depth </font></font></div><div><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">plane laterally by a constant, </font><font face="arial,helvetica,sans-serif">linear factor....... </font></font><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">".</font></font></div><div><font size="4"></font><br></div><div><font size="4">I am not familiar with Amira (and Volren modules in that). But, is it so straightforward as stated </font></div><div><font size="4">OR </font></div><div><font size="4">involves a </font><font size="4">rigorous geometrical and computational work?</font></div><div><font size="4"></font><br></div><div><font size="4">If the authors of the article are seeing this, please help us understand!</font></div><div><br></div><div><font size="4">Best regards,</font></div><div><font size="4">Balki</font> </div><div><font size="4"></font><br></div><div><font size="4"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font><br></div><div><font face="arial,helvetica,sans-serif">Hi Balki,<br><br> On 2015-01-20 05:57, Balki K wrote:<br><br>> I am a new entrant into SPIM as well this forum.<br><br> Welcome! ;-)<br><br>> I have been asked to explore building a mSPIM system for our institute.<br>> But<br>> yesterday there was an update on a new type of system called SCAPE.<br>> <br>> Please have a look at the online version of the publication in Nature<br>> Photonics from Hillman's group in Columbia University, NY.<br><br> We are all busy, so it is a good practice to include a link if you<br> already have one handy. I looked it up and I *think* you refer to this<br> one?<br><br></font><a href="http://www.nature.com/nphoton/journal/vaop/ncurrent/full/nphoton.2014.323.html" target="_blank"><font face="arial,helvetica,sans-serif">http://www.nature.com/nphoton/</font><font face="arial,helvetica,sans-serif">journal/vaop/ncurrent/full/</font><font face="arial,helvetica,sans-serif">nphoton.2014.323.html</font></a><br><br><font face="arial,helvetica,sans-serif"> Unfortunately, I am not at a computer which can access the full text<br> (and even more unfortunate: the authors did not upload preprints to<br> arxiv nor bioRxiv) and you will understand that $32 is a bit much just<br> to be able to analyze the technique for you ;-)<br><br>> I have a clear understanding of SPIM system. But SCAPE is new to me. Is<br>> there someone who is familiar with the two different systems that can<br>> explain the pros & cons o SCAPE system?<br><br> Please keep in mind that I bring the software engineering expertise to<br> the OpenSPIM project in our lab, not the optics expertise (you probably<br> have much more knowledge of optics, given that you are tasked to build a<br> microscope). And please keep in mind that I form the following<br> understanding only from reading the abstract of the article, supported<br> only by the figure at<br></font><a href="http://www.nature.com/nphoton/journal/vaop/ncurrent/fig_tab/nphoton.2014.323_F1.html" target="_blank"><font face="arial,helvetica,sans-serif">http://www.nature.com/nphoton/</font><font face="arial,helvetica,sans-serif">journal/vaop/ncurrent/fig_tab/</font><font face="arial,helvetica,sans-serif">nphoton.2014.323_F1.html</font></a><font face="arial,helvetica,sans-serif">.<br><br> With those caveats in mind, my interpretation is that their microscope<br> uses a scanning mirror (or cantilever) to move the light sheet through<br> the specimen, and that the light sheet is not perpendicular to the<br> acquisition axis but at an oblique angle.<br><br> The OpenSPIM setup we published uses a stage to move the specimen<br> instead of the light sheet (which means that the optical sections are<br> parallel, unlike the sections obtained by rotating the light sheet with<br> a cantilever ? even if they are *almost* parallel in practice). Further,<br> in the OpenSPIM setup, the images have uniform pixel spacings because<br> the light sheet is perpendicular to the acquisition axis, while the<br> pixel spacings in images acquired by the SCAPE microscope differ not<br> only depending on the current angle of the light sheet but also on the<br> exact coordinate on the image plane.<br><br> The major difference, therefore, appears that the SCAPE microscope can<br> be much faster (because it moves the light sheet much faster), at the<br> expense of requiring a sophisticated reconstruction algorithm because of<br> the non-uniform pixel spacings (read: point spread functions).<br><br> It would be really cool if you could adapt the OpenSPIM setup to support<br> SCAPE microscopy; You should make sure that you have access to a gifted<br> mathematician with intermediate programming skills to implement the<br> image reconstruction (read: the all-too-common half-hearted Matlab<br> snippet won't do at all).<br><br> Looking forward to your progress!<br> Johannes</font><br></div></div>