<p dir="ltr">Hi Ke,</p>
<p dir="ltr">You still can add the seral number to the Z in the Picard application/program. This is totally independent of micromanager.</p>
<p dir="ltr">The other thing is, the 4D stage axes are labeled with stickers which have 2 bits of info . 1st is stage name and the other is the serial number. The stage name doesn't necessarily represent what you think it does. Our "Z" actually translates the stage toward and away from the detection objective! That doesn't really matter though, I see Z as just a name that doesn't truly reflect its function. It still works fine.</p>

<p dir="ltr">Once you enter in the correct serial number in the Picard application the indicators for the stage communication in the software should turn from red to green.</p>
<p dir="ltr">The picard software is*very* strict about this serial number setting. I could use just about any numbers and micromanager worked -- but this really wont.<br>
My feeling is that if you at least have picards app working you will know if its a "driver" problem or not.</p>
<p dir="ltr">It'll make Luke's job a lot easier if this is done. Have you already done this and is there communication between the 4d stage and its own software once you have entered tge correct serial numbers?</p>

<p dir="ltr">Cheers Kieran</p>
<div class="gmail_quote">On 28/06/2014 8:17 AM, "Ke Li" <<a href="mailto:tianlankeke@gmail.com">tianlankeke@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi Luke,<div><br></div><div>Thanks so much. Could you please send the link of the changed version to me? And since my system is 64-bit, how can I solve the Z stage problem (no field to change the serial number since I can't add the Z stage first)? </div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Ke </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr">Ke Li<div>Research Assistant </div><div>Biomedical Engineering</div><div>Johns Hopkins University</div><div>

Phone: <a href="tel:410-934-9802" value="+14109349802" target="_blank">410-934-9802</a></div><div>Email: <a href="mailto:kli26@jhu.edu" target="_blank">kli26@jhu.edu</a></div></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 27, 2014 at 2:55 PM, Luke Stuyvenberg <span dir="ltr"><<a href="mailto:stuyvenberg@wisc.edu" target="_blank">stuyvenberg@wisc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi everyone,<br>
<br>
On 06/27/14, Luke Stuyvenberg wrote:<br>
<div>> I'll report back after fixing/testing and committing/uploading the device adapter.<br>
<br>
<br>
</div>And so here I am. I've committed the changes to SVN and uploaded the 32-bit version of the DLL to the OpenSPIM update site.<br>
<br>
<br>
Mark -- Following your suggestion, those lines were removed -- in hindsight, it's not really the correct behavior, and the possible issue with obtaining an invalid serial number shouldn't be common at all. Thanks!<br>


<br>
<br>
Kieran -- I recently became aware of the homing problem; the stage sometimes resets its internal location (when it loses power, perhaps?), so over time it will be pushed away. The X/Y stage can be homed using the MM Script Panel, running mmc.home("Picard XY Stage") -- the Z stage has no appropriate API call, so for the time being, there is a property "GoHome" that will home that stage when set to 1. It's a workaround until I can submit a more useful patch to the MM team (though, as an API change, that may take a little while).<br>


<br>
<br>
Ke -- Please let me know if there are any more problems; hope this helps!<br>
<span><font color="#888888"><br>
<br>
Luke<br>
</font></span><div><div><br>
<br>
On 06/27/14, Luke Stuyvenberg  wrote:<br>
> Hi Ke, Mark, Johannes,<br>
><br>
><br>
> On 06/26/14, Mark Tsuchida wrote:<br>
> > Johannes, I also found the cause: OnSerialGeneric() is calling the<br>
> > Initialize() function, which fails. This happens before the Hardware<br>
> > Wizard calls Initialize (actually, when the wizard is trying to get<br>
> > the initial values of the pre-init properties), so the wizard has no<br>
> > chance to display the configuration dialog.<br>
> > <br>
> > Simply taking out the calls to Initialize (PicardStage.cpp lines<br>
> > 243-245, 258) seems to fix this, but I'm not sure if that is all that<br>
> > needs to be done (since I don't have a Picard stage and cannot figure<br>
> > out what the intent of calling Initialize() at this point was).<br>
> > Johannes, can you take a look at this?<br>
><br>
><br>
><br>
> The intent of the Initialize call was to test the serial number received from the Pi-detector, but I didn't account for the possibility of CPiDetector returning DEFAULT_SERIAL_UNKNOWN, which it does if the requested device hadn't been found. I'm preparing a fix for this that I will submit via SVN as soon as possible.<br>


><br>
><br>
> The ultimate issue is this: The Pi-detector only tested serial numbers up to 250. I've doubled this for now, but this is a stop-gap measure that causes an ugly pause in the device adding process while it probes the serial numbers; I will need to seek a different approach to detecting the motors.<br>


><br>
><br>
> I'll report back after fixing/testing and committing/uploading the device adapter.<br>
><br>
><br>
> Luke<br>
><br>
><br>
> On 06/26/14, Mark Tsuchida wrote:<br>
> > Hi Ke and Johannes,<br>
> ><br>
> > On Thu, Jun 26, 2014 at 11:57 AM, Mark Tsuchida <<a href="mailto:marktsuchida@gmail.com" target="_blank">marktsuchida@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > > On Wed, Jun 25, 2014 at 10:27:54PM -0400, Ke Li wrote:<br>
> > >> 1. I still can't add the Z stage when I create the hardware configuration.<br>
> > >> I tried both 64-bit and 32-bit Windows system, neither can work. Since the<br>
> > >> problem report doesn't give much info, I'm not sure whether there are other<br>
> > >> ways to solve this problem? And what possible reasons can cause the<br>
> > >> problem?<br>
> > ><br>
> > > Are you sure you have the correct serial number for the Z stage (as<br>
> > > Johannes suggested)? In the problem report you sent us, it looked like<br>
> > > you had not set the serial number when adding the Z stage in the<br>
> > > Hardware Configuration Wizard. This causes the device adapter to use the<br>
> > > serial number "-1", which always results in an error.<br>
> > ><br>
> > > Do you see a field to enter the serial number for the Z stage? If you cannot<br>
> > > get it to work even when entering the correct serial number, could you try<br>
> > > sending another Problem Report?<br>
> ><br>
> > Sorry, I hadn't seen your reply to Johannes that answered that question of mine.<br>
> ><br>
> > I can reproduce the problem: with no Picard hardware connected to the<br>
> > computer, no configuration dialog for the pre-initialization settings<br>
> > (including the serial number) is displayed in the hardware<br>
> > configuration wizard. This is the case for the Twister and Z stage,<br>
> > but not the XY stage (at least on my computer).<br>
> ><br>
> > Johannes, I also found the cause: OnSerialGeneric() is calling the<br>
> > Initialize() function, which fails. This happens before the Hardware<br>
> > Wizard calls Initialize (actually, when the wizard is trying to get<br>
> > the initial values of the pre-init properties), so the wizard has no<br>
> > chance to display the configuration dialog.<br>
> ><br>
> > Simply taking out the calls to Initialize (PicardStage.cpp lines<br>
> > 243-245, 258) seems to fix this, but I'm not sure if that is all that<br>
> > needs to be done (since I don't have a Picard stage and cannot figure<br>
> > out what the intent of calling Initialize() at this point was).<br>
> > Johannes, can you take a look at this?<br>
> ><br>
> > Best,<br>
> > Mark<br>
> ><br>
> > --<br>
> > Mark Tsuchida<br>
> > Micro-Manager Team (UCSF Vale Lab)<br>
> ><br>
> > _______________________________________________<br>
> > OpenSPIM mailing list<br>
> > <a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org" target="_blank">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
> > <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" target="_blank">http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> OpenSPIM mailing list<br>
> <a href="mailto:OpenSPIM@openspim.org" target="_blank">OpenSPIM@openspim.org</a><br>
> <a href="http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim" target="_blank">http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>