<div dir="ltr">Thanks for the suggestions Luke! <br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">


- Does this issue only happen with acquisition? That is, when you set the position with the stage controls tab, does the motor go to that location immediately?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, it's only with acquisition or sometimes, when I double-click the position in the position list.  When I'm using the stage controls tab, the motor responds immediately.  <br>

</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
- Is your pixel size calibration set? (To 1.0, or to the actual value?)<br></blockquote><div><br></div><div>Pixel size is set.  <br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">


- Does the system produce any error messages? (These may not be visible normally; they should show up in a recent core log, though -- could you please attach one?)<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, no error message appears, but actually it looks like some do appear in the core log.  I've attached one.  It's long, but the error occurred twice in the last 4-angle acquisition, starting at about 16:32:17.  <br>

</div><div>By the way, there are also some errors in this log regarding the camera (e.g. "Camera Image Read Buffer Failed" at about 16:32:14; I sometimes get an "Error acquiring: null" message from the camera that I have been ignoring because about 50% of the time it goes away when I abort and restart the acquisition, but if you have any advice about this I would be grateful). <br>

<br></div><div>To explain what I was doing I attach a screenshot of the position list and the stage controls after acquisition has finished.  You can see that at the end of acquisition, the z stage is where it should be but the y stage is at the position of the previous row (the 0 angle row).  Then suddenly, at 16:38, the stage spontaneously moved to the correct y position (the last screenshot, and you can see that now the specimen is visible).<br>

<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
- Are the thumbscrews on the stage slides all very lose? Each linear stage has one to hold it still while packing; the screw should be loosened or removed before using the stage.<br>
- Are the stage wires clear of any obstructions?<br>
- Try zeroing all the stages:<br>
 - First, remove any sample.<br>
 - From Micro-Manager, click Tools -> Script Panel<br>
 - In the bottom panel, type (pressing enter after each line):<br>
<br>
<br>
mmc.setPosition(mmc.getFocusDevice(), 0);<br>
mmc.setXYPosition(mmc.getXYStageDevice(), 0, 0);<br>
mmc.setPosition("Picard Twister", 0);<br>
<br>
<br>
 (The third one might fail if the twister has a different label.)<br>
<br></blockquote><div>Stage wires are clear, thumbscrews are removed, and I have zeroed the stages before starting.<br><br></div><div>I hope this is useful.  Thank you! <br></div><div>Aurelia<br><br></div><div><br></div>

</div></div></div>