<div><div>Hi PAvel,</div><div><br/></div><div>We used red beads for this most recent data set; I'm afraid I don't know further details beyond size (.2 um). Julie will know. We have some data in our BitTorrent Sync network which was taken with laser power 5mW (10% max) and exposure 250ms. Some other data from the same session was taken with laser power 10mW and exposure 100ms. (Unfortunately, since scratch is offline for the time being, short of BTS I'm not sure how to get it to you, but I can work on that and the bead details in a few hours.)</div><div><br/></div><div>I *did* get a different set of our data to register this weekend, after some toying with the registration threshold. What value do you usually use with red beads? Same as with green, ~0.01?</div><div><br/></div><div>Thanks!</div><div>Luke</div></div><br><br>Pavel Tomancak <tomancak@mpi-cbg.de> wrote:<br><br>Hi Luke,<br><br>Do you mean the beads are too weak? Typically the beads are the brightest part of the image, unless you use ones that are incompatible with your illumination/emission spectrum. We use the OpenSPIM typically on very low laser power 2-4% and the exposure times are on the order of 50-100ms when imaging strong fluorescent signal. under these conditions the green beads are extremely bright in the green channel.<br><br>Can you send me some images? I may be able to help with the registration.<br><br>All the best<br><br>PAvel<br> <br>On Jul 5, 2013, at 9:05 PM, Luke Stuyvenberg <stuyvenberg@wisc.edu> wrote:<br><br>> Hey Pete,<br>> <br>> When you get a moment, could you write back with the typical settings you use for the laser power and camera exposure when acquiring? We acquired some data recently which I'm having some trouble registering; I think the signal is too weak, and I wanted to get an idea of what you guys have been using. Also anything else you think might be relevant to getting a good image, or tips for registering data, would be much appreciated!<br>> <br>> <br>> Thanks,<br>> Luke<br>> <br>> _______________________________________________<br>> OpenSPIM mailing list<br>> OpenSPIM@openspim.org<br>> http://openspim.org/mailman/listinfo/openspim<br><br>